1、概念不一样：自然地理是研究自然地理环境的组成、结构、功能、动态及其空间分异规律的学科。人文地理探讨各种人文现象的地理分布、扩散和变化，以及人类社会活动的地域结构的形成和发展规律的一门学科。
2、研究对象不一样：自然地理学的研究对象是自然地理环境，包括只受到人类间接或轻微影响，而原有自然面貌未发生明显变化的天然环境，和长期受到人类直接影响而使原有自然面貌发生重大变化的人为环境。人文地理的研究对象则主要是人地关系。
3、分支不一样：自然地理综合性的分支学科有综合自然地理学、区域自然地理学、古地理学和历史自然地理学等。人文地理一般可以分为综合理论部分、通论部分（部门人文地理学）和专论部分（区域人文地理学）。